Sebagai sekolah adiwiyata, SD N Kotagede 3 berkomitmen untuk terus melaksanakan kegiatan peduli lingkungan. Salah satu kegiatan tersebut adalah donasi pohon. Kegiatan ini dilaksanakan pada Hari Jumat, 10 September 2021 bersama dengan komunitas peduli lingkungan di Kawasan bantaran Sungai Oya, Selo pamioro Bantul. Tercetusnya kegiatan ini berawal dari keprihatinan sekolah terhadap bencana banjir di Kawasan bantaran sungai ketika musim penghujan tiba. Selain itu juga untuk memanfaatkan banyaknya tanaman yang dimiliki oleh sekolah. Dengan adanya kegiatan ini, sekolah berharap dapat memberikan edukasi kepada warga masyarakat pada umumnya dan warga sekolah pada khususnya tentang pentingnya menjaga lingkungan dari kerusakan.